Eis a história: Um príncipe (Tamino), e um caçador de pássaros (Papagueno), atendendo ao apelo de uma rainha (a Rainha da Noite), tentam resgatar a princesa (Pamina), seqüestrada num castelo.
Para cumprir essa missão, Tamino e Papagueno recebem da Rainha da Noite, por intermédio das suas damas, um carrilhão e uma flauta mágicos, além de três gênios que serviriam de guias. São representados, na ópera, por três crianças.